Foi un dos fundadores e posteriormente Supremo (líder supremo) do Kataas-taasang, Kagalang-galangang Katipunan ng mga Anak n Bayan ou máis coñecido como "Katipunan", movemento que buscaba a independencia de Filipinas do dominio colonial español. e que comezou a Revolución Filipina. Tamén foi un dos personaxes históricos filipinos recoñecido como heroe nacional de Filipinas.
Naceu en 1863 en Tondo, Manila e foi o primeiro dos catro fillos de Catalina de Castro, unha española Mestiza, e Santiago Bonifacio, alcalde de Teniente de Tondo.Aprendeu o alfabeto a través da irmá da súa nai. Máis tarde foi matriculado na escola privada de Guillermo Osmeña, e aprendeu inglés mentres se empregaba como secretario para unha empresa británica.
Bonifacio foi bendicido de boas mans na artesanía e nas artes visuais e facía bastóns e fanzines de papel, que el e os seus irmáns novos vendían. Tamén fixo carteis para firmas empresariais. Esta converteuse na próspera empresa familiar que continuou cando os homes da familia, a saber, Andrés, Ciriaco, Procopio e Troadio, foron empregados con empresas privadas e gobernamentais, que lles proporcionaron condicións de vida dignas.
Ao non rematar a súa educación normal, Bonifacio enriqueceu a súa intelixencia natural coa autoeducación. Leu libros sobre a Revolución Francesa, biografías dos presidentes dos Estados Unidos, libros sobre códigos penais e civís filipinos contemporáneos, e novelas como Les Misérables, de Victor Hugo, Le juif errant de Eugène Sue e Noli Me Tángere de José Rizal e El Filibusterismo. Aparte do tagalo e do castelán, podería falar e comprender inglés, que aprendeu mentres traballaba en J. M. Fleming and Co.
En 1892 Bonifacio foi un dos membros fundadores da Liga de Filipinas de José Rizal, unha organización que pediu reformas políticas no goberno colonial de Filipinas en España. Con todo, A Liga disolveuse despois dunha soa reunión xa que Rizal foi arrestado e deportado a Dapitan, en Mindanao. Bonifacio, Apolinario Mabini e outros reviviron La Liga en ausencia de Rizal e Bonifacio estivo activo nas organizacións de propaganda locais en Manila. Converteríase no principal propagandista da Liga. A Liga Filipina aportou apoio moral e financeiro ao Movemento de Propaganda dos reformistas filipinos en España.
Na noite do 7 de xullo de 1892, ao día seguinte de que se anunciou a deportación de Rizal, Bonifacio e outros oficialmente "fundaron" o Katipunan, ou en pleno Kataas-taasan, Kagalang-galang na Katipunan e Anak ng Bayan ("A máis Alta e Respectada Sociedade dos Nenos do País"; en Bayan tamén se pode denominar comunidade, persoas e nación). A sociedade secreta buscou a independencia de España mediante revolta armada. Foi influenciado pola masonería a través dos seus rituais e organización, e varios membros, incluído Bonifacio, foron tamén masóns. Dentro da sociedade Bonifacio usou o pseudónimo de May Pag-asa ("Hai esperanza"). Os documentos recentemente atopados suxiren que o Katipunan xa existía desde xaneiro de 1892. Durante un tempo, Bonifacio traballou tanto co Katipunan como coa Liga Filipina. A Liga acabouse por dividir porque algúns membros como Bonifacio perderon a esperanza dunha reforma pacífica e detiveron a súa axuda monetaria. Os membros máis conservadores, na súa maioría membros ricos, que aínda creían en reformas pacíficas crearon o Cuerpo de Compromisarios, que se comprometeu a apoiar continuamente aos reformistas en España. Os radicais foron sempre co Katipunan. Desde Manila, o Katipunan estendeuse a varias provincias, incluíndo Batangas, Laguna, Cavite, Bulacan, Pampanga e Nueva Ecija. A maioría dos seus membros, chamados Katipuneros, procedían das clases baixas e medias, e moitos dos seus líderes locais foron figuras destacadas nos seus municipios. Nun principio exclusivamente masculino, máis tarde a adhesión foi libre para as mulleres, coa muller de Bonifacio, Gregoria de Jesús, como membro principal. Dende o principio, Bonifacio foi un dos xefes oficiais do Katipunan, aínda que non se converteu no seu Supremo (líder supremo) nin Presidente Supremo ata 1895. Foi o terceiro xefe do Katipunan despois de Deodato Arellano e Román Basa. Antes disto, actuou como interventor da sociedade e logo como fiscal (avogado / procurador). A sociedade tiña as súas propias leis, estrutura burocrática e liderado electivo. Para cada provincia implicada, o Consello Supremo de Katipunan coordinouse cos concellos provinciais encargados da administración pública e asuntos militares e cos consellos locais encargados de asuntos a nivel de distrito ou barrio.
O rápido aumento da actividade de Katipunan provocou a sospeita das autoridades españolas. A principios de 1896, a intelixencia española era consciente da existencia dunha sociedade secreta sediciosa e os sospeitosos quedaron baixo vixilancia e foron detidos. O 3 de maio, Bonifacio celebrou unha asemblea xeral de líderes de Katipunan en Pasig, onde debateron cando comezaría a revolución. Aínda que algúns oficiais, especialmente Bonifacio, crían que unha revolución era inevitable, algúns membros, especialmente Santiago Alvarez e Emilio Aguinaldo ambos de Cavite, expresaron reservas e desacordo respecto da sublevación prevista por falta de armas de fogo. O consenso foi consultar a José Rizal en Dapitan antes de iniciar a acción armada, polo que Bonifacio enviou a Pío Valenzuela a Rizal. Rizal resultou estar en contra da revolución, crendo que era prematuro. Recomendou máis preparación, pero suxeriu que, no caso de que a revolución estalase, deberían buscar o liderado de Antonio Luna, que foi considerado como un xenial líder militar.
As autoridades españolas confirmaron a existencia do Katipunan o 19 de agosto de 1896. Centos de sospeitosos filipinos, inocentes e culpables, foron arrestados e encarcerados por traizón. José Rizal (José Protasio Rizal Mercado y Realonda) estaba listo para irse a Cuba a servir de médico no exército colonial español a cambio de liberalo de Dapitan. Cando a noticia estalou, Bonifacio intentou convencer a Rizal, en cuarentena a bordo dun barco na bahía de Manila, para escapar e unirse á inminente sublevación. Bonifacio, Emilio Jacinto e Guillermo Masangkay disfrazáronse de mariñeiros e dirixíronse ao peirao onde estaba ancorado o barco de Rizal. Jacinto reuniuse persoalmente con Rizal, que rexeitou a súa oferta de rescate. Rizal foi detido, xulgado e executado máis tarde.
Eludindo unha caza intensiva, Bonifacio chamou a miles de membros de Katipunan a unha concentración masiva en Caloocan, onde decidiron iniciar a sublevación. O suceso, marcado polo desgarro das cédulas (documentos persoais de identidade) foi máis tarde chamado "os choros de Balintawak" ou "choros de Pugad Lawin"; a posición exacta e a data do grito son disputadas. O Consello Supremo de Katipunan declarou unha revolución armada a nivel nacional contra España e pediu un ataque coordinado simultáneo contra a capital Manila o 29 de agosto. Bonifacio designou xenerais para dirixir as forzas rebeldes a Manila. Outros concellos do Katipunan tamén foron informados dos seus plans. Antes de que estalasen as hostilidades, Bonifacio reorganizou o Katipunan nun goberno revolucionario aberto de facto e nomearon á nación e ao seu goberno Haring Bayang Katagalugan (tradúcese cómo a República tagalog), con él como presidente e comandante en xefe (ou generalissimo) do exército rebelde e do Consello Supremo e o seu gabinete. O 28 de agosto, Bonifacio emitiu a seguinte proclamación:
''Este manifesto é para todos vós. É absolutamente necesario pararnos canto antes ás anónimas perpetracións opositoras contra os fillos do noso país que agora están sufrindo o castigo brutal e as torturas nos cárceres e, por iso, informo a todos os irmáns que o sábado, día 29 do mes actual, a revolución comezará segundo o noso plan. Para este propósito, é necesario que todas as cidades se levanten simultaneamente e atacen a Manila ao mesmo tempo. Calquera que entorpeza este ideal sagrado nacional será considerado un traidor e inimigo, agás se está enfermo; ou non está na forma física axeitada, nese caso será xulgado de acordo coas normas vixentes.''
En decembro de 1896, o goberno español recoñeceu tres grandes centros de rebelión: Cavite (baixo Mariano Alvarez, Emilio Aguinaldo e outros), Bulacan (baixo Mariano Llanera) e Morong (baixo Bonifacio). A revolta tivo máis éxito en Cavite, que caeu sobre baixo control total dos rebeldes en setembro a outubro de 1896.
O 7 de novembro de 1896 Bonifacio dirixiu un asalto a San Mateo, Marikina e Montalban. Os españois víronse obrigados a retirarse, deixando estas zonas aos rebeldes, salvo a casa municipal de San Mateo onde algunhas tropas españolas fixeron barricadas. Mentres as tropas de Bonifacio asediaban ao salón, outras forzas de Katipunan estableceron liñas defensivas ao longo do río Langka (ou Nangka) nas proximidades contra os reforzos españois dende a dirección de Marikina. Despois de tres días, os contraataques españois atravesaron as liñas do río Nangka. As tropas españolas afogaron as posicións dos rebeldes e sorprenderon a Bonifacio en San Mateo, que ordenou a retirada xeral a Balara. Foron perseguidos e Bonifacio foi case asasinado ao defender a Emilio Jacinto dunha bala española que lle riscou o colo.
O 22 de marzo de 1897, os líderes revolucionarios mantiveron unha importante reunión nunha Residencia en Tejeros para retomar as súas Discusións sobre a escalada tensión entre as Forzas Magdalo e Magdiwang; E tamén para resolver dunha vez por todas a cuestión do goberno dentro de Katipunan a través dunha elección. No medio das implicacións sobre se o Goberno do "Katipunan" debería establecerse como monarquía ou como república, Bonifacio defendeu que se debería manter como República. Segundo el, todos os seus membros deberían de servir baixo o Principio de Liberdade, Igualdade e Fraternidade, no que se fundou o republicanismo.
Antes de que comezasen as eleccións, pediuse que os resultados fosen respectados por todos e todos estiveron de acordo. A facción de Magdalo votou ao seu propio presidente Emilio Aguinaldo en ausencia, xa que estivo involucrado na batalla de Pérez Dasmariñas, que daquela estaba en curso.
Bonifacio recibiu o segundo número de votos máis alto para ser elexido Presidente. Aínda que se suxeriu que fose adxudicado automaticamente á vicepresidencia, ninguén secundou a moción e a elección continuou. Mariano Trías do Magdiwang foi elixido Vicepresidente. Bonifacio foi o último en ser elixido como Ministro do Interior. Daniel Tirona, protestou que Bonifacio fose nomeado Ministro do Interior por considerar que o posto non debería ser ocupado por unha persoa sen diploma de avogado. Tirona suxeriu a un avogado destacado para o cargo como Jose del Rosario. Insultado e enfadado, Bonifacio esixiu desculpas xa que os electores acordaron respectar os resultados das eleccións. Tirona ignorou a demanda de disculpa de Bonifacio, o que levou a Bonifacio a sacar a súa pistola e intentar disparar a Tirona, que se agochaba entre a xente, pero foi freado por Artemio Ricarte do Magdiwang, que fora elixido Capitán Xeral (da Policía). Mentres a xente saíu da sala, Bonifacio declarou:
"Eu, como presidente desta asemblea e como presidente do Consello Supremo do Katipunan, algo que ningún de todos vostedes pode negar, declaro esta asemblea disolta e anulo todo o que foi aprobado e resolto."
A finais de abril, Aguinaldo asumiu plenamente o cargo presidencial despois de consolidar a súa posición entre a elite de Cavite, a maioría dos seguidores do Magdiwang de Bonifacio cambiaron a súa alianza a Aguinaldo. O goberno de Aguinaldo ordenou entón a detención de Bonifacio, que daquela se afastaba de Cavite.
O 25 de abril, unha partida de homes de Aguinaldo liderada polo coronel Agapito Bonzón e o maior José Ignacio "Intsik" Paua pillaron a Bonifacio no seu campamento no barrio de Limbon, Indang. O insospeitante Bonifacio recibiunos cordialmente. Cedo ao día seguinte, Bonzón e Paua atacaron o campamento de Bonifacio. Bonifacio foi sorprendido e negouse a loitar contra os "compañeiros tagalugues", ordenando aos seus homes que prenderan o seu lume, pero sen embargo intercambiáronse disparos. Bonifacio disparoulle no brazo a Bonzón, e Paua acoiteloullo no pescozo pero foi impedido que o golpease aínda máis por un dos homes de Bonifacio, que se ofreceu a morrer no lugar de Bonifacio. O irmán de Andrés, Ciriaco, foi asasinado, mentres que o seu outro irmán Procopio foi golpeado e a súa muller Gregoria foi violada por Bonzón. Desde Indang, un Bonifacio con medio morto de fame e ferido foi levado en hamaca a Naic, que se convertera na sede do presidente Aguinaldo.
O séquito de Bonifacio foi levado inicialmente a Naic e logo a Maragondon, Cavite, onde el e Procopio foron xulgados o 5 de maio de 1897, por acusacións de sedición e traizón contra o goberno de Aguinaldo e conspiración para asasinar a Aguinaldo. O xurado estivo integrado por homes de Aguinaldo e ata o propio avogado da defensa de Bonifacio declarou a culpabilidade do seu cliente. A Bonifacio se lle impediu enfrontarse á testemuña do Estado baixo a acusación de conspiración para asasinar porque o último fora ''asasinado en batalla''. Non obstante, despois do xuízo a testemuña foi vista con vida xunto aos fiscais.
Os irmáns Bonifacio foron declarados culpables a pesar das probas insuficientes e recomendaron ser executados. Aguinaldo conmutou a condena pola de deportación o 8 de maio de 1897, pero Pío del Pilar e Mariano Noriel persuadírono para retirar a orde para preservar a unidade. Nisto foron secundados por Mamerto Natividád e outros partidarios de boa fe de Aguinaldo. Os irmáns Bonifacio foron executados o 10 de maio de 1897 nas montañas de Maragondón. Apolinario Mabini escribiu que a morte de Bonifacio desmoralizou a moitos rebeldes de Manila, Laguna e Batangas que viñeran para axudar a aqueles en Cavite, e provocaron que se desmobilizasen. Noutras áreas, achegados a Bonifacio como Emilio Jacinto e Macario Sakay continuaron co Katipunan e nunca recoñeceron a autoridade de Aguinaldo.
Existen diferentes contas da forma de execución de Bonifacio. O comandante da partida de execución, Lazaro Macapagal, dixo en dúas contas separadas que os irmáns Bonifacio foron fusilados a morte, que é a interpretación ortodoxa. A segunda conta de Macapagal fala de Bonifacio intentando escapar despois de que o seu irmán fose fusilado, pero el tamén é asasinado mentres fuxe. Macapagal escribe que enterraron aos irmáns en fosas pouco profundas escavadas con baionetas e marcadas por pólas. Non obstante, outra conta afirma que despois de que o seu irmán foi fusilado, Bonifacio foi acoitelado e descuartizado ata a morte. Isto supostamente fíxose mentres estaba tendido nunha hamaca na que foi transportado ao lugar, pois estaba demasiado débil para camiñar.
Esta versión foi mantida por Guillermo Masangkay, que afirmou ter recibido esta información dun dos homes de Macapagal. Despois de que se descubriron os ósos de Bonifacio, incluído o seu cranio fracturado, en 1918, Masangkay afirmou que as probas forenses apoiaron a súa versión dos acontecementos.
